L’aquarium du Muséum de Besançon est situé au cœur de la Citadelle de Vauban perché au-dessus de la ville. Il accueille la faune aquatique des rivières de Franche-Comté et de ses milieux humides. Intégré au sein d’une salle voutée de l’Arsenal, il héberge une centaine d’espèces de poissons, d’amphibiens et d’invertébrés d’eau douce.

Depuis 2005, l’aquarium est d’engagé dans des programmes de conservation uniques pour préserver des espèces emblématiques comme l’Apron du Rhône et les écrevisses autochtones. Ces actions de sauvegarde de la faune aquatique ont pu apporter de nombreuses connaissances nouvelles sur ces espèces peu connues et ont générer des milliers de spécimens issus de reproduction en captivité. Ainsi, ces espèces ont fait l’objet de réintroduction dans le milieu naturel afin de soutenir les populations sauvages.